07 juin 2008
Offre de stage à l'UMR 6026
Sujet: Organisation de la chromatine et signalisation par les œstrogènes
Lieu: UMR CNRS 6026 Interactions cellulaires et moléculaires, Bâtiment 13, Campus de Beaulieu
Equipe: SPARTE (Régulation spatio-temporelle de la transcription)
Encadrants: Jérôme Eeckhoute, Christine Le Péron, Raphaël Métivier.
Contexte Scientifique:
Les
hormones œstrogéniques contrôlent un grand nombre de processus
physiologiques en activant et/ou en réprimant de façon sélective un
répertoire de gènes, via leur liaison à des récepteurs spécifiques, et
plus particulièrement le récepteur alpha des œstrogènes (ER). De plus,
de par leurs influences mitogéniques, les œstrogènes jouent un rôle
fondamental dans la genèse des cancers du sein, de l'utérus et des
ovaires. L'ER est un facteur de transcription dont l'action met en
œuvre des mécanismes dynamiques (recrutement de complexes de
coactivation?) qui sont intimement liés à la structure et
l'organisation spatiale de la chromatine au sein du noyau cellulaire.
Le projet proposé s'inscrit dans le cadre de l'étude des interrelations
existant entre les activités de ER et l'organisation du génome afin de
mieux comprendre la spécificité d'action de ce facteur et les
modulations de la structure chromatinienne liées à son action. En
particulier, l'étudiant considèrera les évènements dynamiques prenant
place sur des promoteurs de gènes œstrogéno-dépendants modèles, en
utilisant entre autres des techniques d'immunoprécipitation de
complexes chromatiniens (ChIP, chromatin immunoprecipitation) et de
FAIRE (formaldehyde assisted isolation of regulatory elements).
L'analyse, réalisée au sein de modèles de lignées cellulaires mammaires
d'origine cancéreuse, permettra d'identifier des éléments critiques
impliqués dans la mise en place d'une régulation transcriptionnelle par
l'ER.
06 juin 2008
Rapport de stage ?!
Coucou tout le monde ! :-)
J'ouvre un petit sujet de discussion pour raviver un peu le blog délaissé et platement abandonné alors que -la fin de l'année approchant- ses jours sont comptés... :'-(
Donc, si vous voulez parler ici de votre stage, de l'avancée de votre rédaction, des galères que vous rencontrez, de votre inspiration ou de sa cruelle absence, n'hésitez pas à poster vos commentaires... Les belles boulettes de manip's sont les bienvenues aussi, cela nous fera sourire un peu !
Bon courage à tous et à très bientôt ! :-D
19 mai 2008
Offre de stage M2
Bonjour à tous,
Je viens de recevoir cette offre de stage à faire suivre.
Proposition_de_master
J'espère que cela pourra intéresser certains d'entre vous...
Bon stage !
26 mars 2008
Offre de stage
Bonjour,
Voici une offre de stage de M2 à Strasbourg, que m'a envoyé Thierry Guillaudeux.
Je vous laisse la découvrir :
Bon courage pour la fin de la semaine !
@++ !
PS : N'oubliez pas de lire le message d'avant sur le blog !
23 février 2008
Offre de stage M2
Pour les intéressés potentiels :
La maitre de stage de L3 de Gwenneg, Cathy Le Goff, et son mari lui ont envoyé une offre de stage de M2 pour l'année prochaine à diffuser : "Il s'agit de l'étude d'une nouvelle protéine kinase chez la levure, dont la fonction serait apparentée à celle de Kin1, une kinase impliquée dans la polarité et le stress. " C'est un stage qui concernerait les M2 SCMV (anciennement les masters gfs et ingénierie des protéines.
Cathy et Xavier Le Goff (umr6061 génétique et developpement équipe MCMRPK) seront ravis de discuter du projet avec tout ceux que cela peut intéresser mais seront absent du 18 juin au 18 juillet 2008 donc il serait éventuellement judicieux de les contacter avant cette date. Voila voila pour les infos ; et sans vouloir faire de pub, Gwenneg a trouvé l'équipe vraiment agréable et ses maitres de stages exemplaires.
A bon entendeur...
25 janvier 2008
Proposition de stage M1 BCGMP ou M1 BBM
Salut tout le monde !
Voici une offre de stage qu'Aurélien m'a demandé de mettre en ligne. J'espère que cela pourra rendre service à ceux d'entre vous qui n'ont pas encore trouvé de stage...
Proposition_de_stage_de_M1_C_Le_Peron_2008
Bon courage à tous.
08 octobre 2007
Offre de stage
Bonjour,
Voici une proposition de stage envoyée par Bertrand Cosson, de Roscoff. C'est a priori un stage de M2 pour 2007-2008, mais ça devrait pouvoir se transformer en stage de M1 2007-2008, ou en stage de M2 pour 2008-2009, ou autre chose qui concerne les M1BCGMP 2007-2008. (dixit Luc Paillard)
STAGE PROPOSE POUR UN ETUDIANT dans la spécialité « Génomique Fonctionnelle et Santé » du Master Biologie
(Master 2)
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ANNEE UNIVERSITAIRE 2007-2008
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A Renvoyer avant le 16 mars 2007
UNITE : UM7150, Mer et Santé, Roscoff
RESPONSABLE : Serge Thomas
EQUIPE : Cycle Cellulaire et Développement (http://www.sb-roscoff.fr/CCD/)
RESPONSABLE : Patrick Cormier, N° 02 98 29 23 66
DIRECTEUR DE STAGE : Bertrand Cosson, N° Téléphone : 02 98 29 23 68, cosson@sb-roscoff.fr
TITRE DU SUJET proposé : Identification et caractérisation de nouveaux partenaires de la protéine de liaison à la coiffe des ARNm (eIF4E), implication fonctionnelle et perspectives thérapeutiques
Disciplines concernées : Biologie structurale, bio-informatique, biochimie, biologie cellulaire, génomique fonctionnelle, développement biomédical.
Mots clefs : Structure protéique, criblage bioinformatique, thérapie peptidique, leucémie lymphoïde chronique.
Le facteur eIF4E (eukaryotic Initiation Factor 4E) est une protéine qui lie la coiffe m7GTP en 5' des ARNm. Cette protéine ne possède pas d'activité intrasèque mais assure ses fonctions par le biais d'interactions avec différents partenaires protéiques. Des publications récentes de tout premier plan au niveau international montrent que la régulation de l’association du facteur d’initiation de la traduction eIF4E à ses partenaires joue un rôle majeur dans différents mécanismes biologiques comme la régulation du cycle cellulaire, les mécanismes de cancérogenèse, et le contrôle du développement embryonnaire (voir Richter and Sonenberg, Nature, 2005).
Notre équipe Cycle Cellulaire et Développement dirigée par le Dr Patrick Cormier a démontré chez l’oursin que l’augmentation de l’activité traductionnelle à la fécondation passait par une dissociation du complexe eIF4E-4EBP et la dégradation de 4E-BP (Cormier Dev. Biol. 2001; Salaun Dev. Biol., 2003; Salaun J. Cell Sci. 2005, Oulhen J. Cell Sci. 2007).
Outre son rôle dans le contrôle traductionnel, eIF4E est aussi impliqué dans d'autres mécanismes tels que la protection des ARNm ou leur transport au sein de la cellule (Topisirovic I. Mol. Cell. Biol., 2002). L'ensemble de ces rôles doit être pris en compte pour comprendre l'implication d'eIF4E dans les mécanismes de cancérisation auquel il est associé.
L’objectif du projet développé par Bertrand Cosson est d’identifier et de caractériser de nouveaux partenaires d’eIF4E sélectionnés par une approche de génomique fonctionnelle originale appelée 3D-S qui combine biologie structurale et bio-informatique. En collaboration avec le Dr Mirjam Czjzek et à partir de structures cristallographique, une matrice d’acides aminés « 4EBPlike » a été définie. Le criblage de la base de données de protéines Trembl (http://www.ebi.ac.uk/trembl) avec cette matrice a permis de sélectionner 582 protéines classées en 14 groupes. La séquence 4EBPlike de l’homologue humain de chacun des 14 groupes a été utilisée pour produire des peptides en lysat de réticulocyte de lapin. L’affinité de ces peptides pour eIF4E a été ensuite analysée par chromatographie d’affinité (GST pulldown).
Parmi les différents peptides issus du criblage, nous nous sommes concentré sur une séquence dont le peptide possède une très forte affinité pour eIF4E. Cette séquence est spécifique d’une protéine humaine à domaine nucléase dont nous venons d’achever le clonage. La fonction cellulaire de cette protéine est inconnue. Après production d'une protéine de fusion, son affinité pour eIF4E va être testée dans les mêmes conditions que pour le peptide. L’analyse in silico indique une expression ubiquitaire de l’ARNm codant pour la nucléase.
Outre la caractérisation biochimique de la fonction nucléase de ce nouveau partenaire d’eIF4E, le travail de l’étudiant en master 2 consistera en l’étude de sa localisation cellulaire par l’utilisation d’anticorps spécifiques dont la production va être lancée prochainement. Il s’agira également d’exprimer de manière transitoire la nucléase fusionnée à une étiquette (HA). Cette étude sera complétée par expression de la nucléase dont le domaine d’interaction à eIF4E aura été muté. Une analyse de l’interaction entre la nucléase et eIF4E pourra être conduite in vivo par analyse par FRET sur la plateforme d’imagerie de la FR2424. Enfin l’analyse de la stabilité et de la traduction d’ARNm endogènes ou rapporteurs en cellule en culture sera réalisées suite à la surexpression de la protéine sauvage et mutante, ou après extinction de son expression (siRNA).
Le travail réalisé par l’étudiant en master 2 sera exploité dans le cadre d’une collaboration avec le CHU de Brest. En effet, l'identification de peptides à forte affinité pour eIF4E offre l'opportunité d'altérer l'accessibilité d'eIF4E à ses partenaires et par conséquent d'affecter ses fonctions cellulaires. Cette hypothèse à perspectives thérapeutiques est actuellement testée dans le cadre d‘une maladie caractérisée par une perte de l’apoptose : la leucémie lymphoïde chronique. eIF4E et son partenaire 4EBP ont été décrits comme ayant respectivement une activité anti et pro-apoptotique. Les peptides dérivés des protéines sélectionnées lors du crible seront fusionnés à une séquence IRS (Dong C., Blood, 2005) pour être introduits dans des lymphocytes prélevés chez des patients atteints par la leucémie lymphoïde chronique. Le prélèvement des cellules à partir de patients, la mise en culture de ces cellules et le suivi de l’activité apoptotique par FACS (annexin 5) sont déjà maîtrisés par le Dr Saad, médecin hématologue qui effectue une thèse dans l'équipe Cycle Cellulaire et Développement dirigée par Patrick Cormier, dans le cadre d’une collaboration avec l’équipe du Pr. Christian Berthou du CHU de Brest.
15 septembre 2007
Expérience de stage
Ce petit message a pour but de recueillir les témoignage des M1, afin de répondre peut-être à quelques interrogations des L3 en quête d'un labo où effectuer leur premier stage...
Par ailleurs, en tant qu'étudiant en M1, nous avons également un stage à trouver ! N'hésitez donc pas à poster vos commentaires pour parler des labos que vous convoitez, des difficultés éventuellement rencontrées, ou de toute autre chose concernant vos stages passés et futurs...